Hành trình mới của Bố ơi mình đi đâu thế mùa thứ 2 đã bắt đầu với sự tham gia của các cặp bố con: Diễn viên Hùng Thuận và bé Bảo, doanh nhân Đức Minh và bé Tốt-Ti, ca sĩ Anh Tuấn MTV và bé Hà My, người mẫu/diễn viên Mạnh Trường và bé Chíp.
Bốn ông bố đều làm những công việc phải xa nhà nhiều ngày, bận rộn với việc kinh doanh, biểu diễn và không có thời gian giành cho con. Đặc biệt đối với diễn viên Hùng Thuận khi bé Bảo ở với mẹ thì thời gian anh được gặp con càng ít hơn.
Chuyến đi đầu tiên tại các vùng lân cận thành phố Hồ Chí Minh, các bé sẽ tự lựa chọn nhà cho mình bao gồm: Nhà Mít, nhà Chùm ruột, nhà Hoa giấy, nhà Gòn. Tốt-Ti đã không ngần ngại chọn cho mình ngôi nhà nhỏ nhất và "tồi tàn" nhất. Chíp và Hà My đều thích ngôi nhà có các bạn thỏ và buộc phải giải quyết bằng oẳn tù tì. Đây là "cuộc chiến" rất quen thuộc của các bé trong việc chọn nhà và thường kết thúc trong nước mắt khi một bé phải từ bỏ mong ước của mình.