Trong những năm gần đây, các trường ngoài công lập liên tục phản đối cách làm của Bộ GD – ĐT về việc tổ chức kỳ thi 3 chung và quy định điểm sàn, nhiều đại điện của các trường NCL cho rằng cách làm này của Bộ là không phù hợp, thiếu thực tế gây khó khăn cho trường NCL.