Theo thống kê của sở Tài nguyên và Môi trường TP.HCM, hiện TP có hơn 31.100 cơ sở sản xuất công nghiệp và tiểu thủ công nghiệp. Tuy nhiên, hầu hết các cơ sở này chưa có hệ thống nước thải. Thậm chí, nhiều doanh nghiệp còn cố ý xả thải trực tiếp ra môi trường nước gây ô nhiễm nghiêm trọng. Ngoài ra, việc người dân không có ý thức cũng góp phần khiến hệ sinh thái kênh rạch bị hủy hoại nghiêm trọng, ảnh hưởng trực tiếp tới sức khỏe.
Tình trạng ô nhiễm ngày càng đáng báo động khi những con kênh như: Kênh Nước Đen (quận Bình Tân), kênh Hiệp Tân (ngã tư Hòa Bình – Tô Hiệu, quận Tân Phú), kênh Chợ Cầu (quận Gò Vấp), kênh Tham Lương (quận 12),… ngày càng bốc mùi nồng nặc do rác thải ứ đọng lâu ngày.
Rác thải ứ đọng tạo điều kiện cho những khí độc hại từ những chất thải khó phân hủy hình thành mùi hôi thối như: H2S, NH3 và khí Biogas thoát ra gây mùi rất khó chịu.