Ngày 5/6, cơ quan An ninh điều tra bộ Công an cho biết đang thụ lý điều tra vụ án Buôn lậu, xảy ra tại cửa khẩu Quốc tế Lào Cai, tỉnh Lào Cai, theo quyết định khởi tố vụ án hình sự số 11/QĐ-ĐTCBL và quyết định chuyển hồ sơ vụ án hình sự để điều tra theo thẩm quyền số 05/QĐ-ĐTCBL ngày 06/8/2019 của cục Điều tra chống buôn lậu - Tổng cục Hải quan.
Ngày 27/3/2020, cơ quan An ninh điều tra bộ Công an ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra tại Hà Nội và một số địa phương.
Ngày 04/6/2020, cơ quan An ninh điều tra bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can, ra lệnh bắt tạm giam bị can để tạm giam, lệnh khám xét đối với Phạm Chí Kiên, SN 1984, tại Hà Nội; Nghề nghiệp: Chuyên viên phân tích cục Kiểm định Hải quan, Tổng cục Hải quan về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự.
Ngày 05/6/2020, sau khi VKSND Tối cao phê chuẩn, cơ quan An ninh điều tra bộ Công an đã thực hiện các quyết định và lệnh nêu trên với bị can Phạm Chí Kiên.
Hiện cơ quan An ninh điều tra bộ Công an đang tiến hành điều tra, làm rõ sai phạm của bị can và trách nhiệm những người có liên quan theo quy định của pháp luật.