Mục tiêu chung của Đề án nhằm hiện đại hóa trang thiết bị và công nghệ chuồng trại đáp ứng yêu cầu phát triển chăn nuôi an toàn sinh học, an toàn dịch bệnh, thân thiện với môi trường và đối xử nhân đạo với vật nuôi; nâng cao năng lực quản lý, xử lý chất thải chăn nuôi bảo vệ môi trường và sử dụng có hiệu quả nguồn chất thải chăn nuôi cho các mục đích khác nhau.
Cụ thể, Đề án phấn đấu tỉ lệ nội địa hóa tính theo giá trị hệ thống chuồng trại, trang thiết bị chuồng trại đáp ứng 80%.
Chăn nuôi trang trại quy mô vừa và quy mô lớn sử dụng chuồng trại với trang bị thiết bị hiện đại đạt 70%; trang trại chăn nuôi lợn, gia cầm có chuồng kín đạt 70%; áp dụng biện pháp xử lý chất thải chăn nuôi và xây dựng công trình khí sinh học các loại của hộ chăn nuôi ở mức tối đa.
Tổng lượng chất thải hữu cơ từ hoạt động chăn nuôi được thu gom, xử lý, tận dụng cho các mục đích khác nhau đạt mức cao nhất.
Đề án đưa ra 4 nhiệm vụ, giải pháp thực hiện. Thứ nhất, nghiên cứu, thiết kế, phát triển công nghiệp phụ trợ chế tạo, sản xuất trang thiết bị chuồng trại hiện đại, đồng bộ và hạn chế ô nhiễm môi trường: Nghiên cứu, thiết kế, chế tạo, thử nghiệm trang thiết bị chuồng trại, xử lý chất thải chăn nuôi cho quy mô chăn nuôi trang trại; xây dựng các nội dung, chương trình đào tạo liên quan đến chuồng trại và xử lý chất thải trong chăn nuôi.
Hai, nghiên cứu đổi mới công nghệ về quy trình chăn nuôi và chuồng trại chăn nuôi theo hướng tự động hóa: Nâng cao năng lực, xây dựng tài liệu các quy trình thực hành chăn nuôi tốt (VietGAHP), chăn nuôi hữu cơ, chứng nhận an toàn sinh học; nghiên cứu phát triển và đổi mới hệ thống chuồng trại đảm bảo an toàn sinh học, an toàn dịch bệnh trong hoạt động chăn nuôi.
Ba, khuyến khích áp dụng công nghệ cao, công nghệ tiên tiến, công nghệ mới để xử lý chất thải chăn nuôi: Nghiên cứu phát triển công nghệ cao, công nghệ mới, công nghệ tiên tiến, công nghệ sạch trong việc xử lý chất thải chăn nuôi; ứng dụng các tiến bộ kỹ thuật trong lĩnh vực quản lý chất thải chăn nuôi theo hướng phòng ngừa chủ động.
Bốn, phát triển mô hình chăn nuôi tuần hoàn, nâng cao hiệu quả kinh tế sinh thái chăn nuôi: Đánh giá, hoàn thiện quy trình chăn nuôi tuần hoàn đối với các vật nuôi chủ lực gắn với mô hình VietGAP, an toàn sinh học để phát triển bền vững, kéo dài chuỗi giá trị chăn nuôi; chuyển hóa chất thải chăn nuôi thành mô hình sản xuất phân bón hữu cơ hoặc mô hình nuôi côn trùng, sinh vật làm thức ăn chăn nuôi, thủy sản nhằm nâng cao hiệu quả kinh tế sinh thái chăn nuôi.