Theo cáo trạng, Công ty Thủy sản Phương Nam thành lập năm 1998, đến năm 2000 trở thành Công ty cổ phần với vốn điều lệ 295 tỷ đồng.
Ngoài Chủ tịch HĐQT Lâm Ngọc Khuân, 3 cổ đông còn lại là bà Trần Thị Mỹ - vợ ông Khuân, con gái Lâm Ngọc Hân cùng cháu trai Quỳnh Phúc Quế (chỉ đứng tên 24% cổ phần nhưng thực tế không góp vốn).
Từ 2008 đến tháng 9/2012, Công ty Phương Nam được nhiều ngân hàng cho vay vốn kinh doanh thủy sản. Tuy nhiên, ông Lâm Ngọc Khuân đã sử dụng vốn sai mục đích vào nhiều việc, như dùng để trả nợ vay, kinh doanh bất động sản , liên doanh - liên kết đầu tư với Công ty KM Phương Nam do chính mình làm Chủ tịch Hội đồng thành viên và chiếm đoạt trên 52 tỷ đồng.
Do liên tục làm ăn thua lỗ, nợ nần ngân hàng với số tiền rất lớn, dư nợ năm trước chuyển sang năm sau ngày càng cao, đến cuối năm 2012 tổng dư nợ trên 1.752 tỷ đồng.
Trước tình hình đó, ông Khuân đã chỉ đạo con gái và thuộc cấp lập hồ sơ khống, lập báo cáo xuất, nhập, tồn kho tôm đông lạnh khống để nâng giá trị từ 123 tỷ đồng lên 747 tỷ đồng và sử dụng một bộ chứng từ mua tôm nguyên liệu để sao y ra nhiều bản đưa vào hồ sơ thế chấp để vay tiền ngân hàng.
Qua giám định, tổng tài sản Công ty Phương Nam đem thế chấp chỉ có 639 tỷ đồng nhưng lại vay được số tiền lên đến trên 1.750 tỷ đồng. Cho đến nay, công ty Phương Nam không có tài sản bảo đảm để hoàn trả vốn vay cho 5 ngân hàng trên với số tiền gần 785 tỷ đồng. Số tiền này Lâm Ngọc Khuân và con gái Lâm Ngọc Hân đã chiếm đoạt hết rồi bỏ trốn.
Vụ án có 27 bị can, trong đó, hai cán bộ của công ty Thủy sản Phương Nam là Lâm Minh Mẫn (nguyên kế toán trưởng) và Trịnh Hồng Phượng (nguyên Phó Giám đốc, cùng 35 tuổi) bị truy tố tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Mẫn và Phượng có vai trò giúp sức ông Chụ tịch HĐQT công ty Thủy sản Phương Nam lừa đảo chiếm đoạt tiền của các ngân hàng.
