Mạc Hồng Quân đã khởi đầu năm 2016 theo một cách đáng quên khi vẫn chưa có được bàn thắng nào cho CLB Than Quảng Ninh tại V.League mùa giải mới. Thậm chí ngay cả khi được cô bồ trẻ Kỳ Hân động viên tinh thần bằng cách đến sân dự khán rồi ra lệnh phải “ghi bàn”, chân sút 24 tuổi vẫn hoàn toàn vô hại trước khung thành đối phương. Chưa hết trong cuộc đối đầu với chủ nhà HAGL ở vòng 3, Hồng Quân còn dính chấn thương phải rời sân trong hiệp hai.
Mạc Hồng Quân không có tên trong danh sách 23 cầu thủ đá với Iraq.
Hồng Quân vẫn được HLV Hữu Thắng triệu tập vào danh sách sơ bộ của ĐT Việt Nam dự hai trận đấu cuối tại vòng loại World Cup 2018 nhưng vào giờ chót đã bị gạch tên khi danh sách được rút xuống 23 cầu thủ chính thức. Thời điểm đó chấn thương của ngôi sao Việt kiều này đã tiến triển tốt bởi thế việc anh bị loại được coi là bởi lý do chuyên môn. Ở thời điểm mà ĐT Việt Nam đang rất thiếu một trung phong cắm khi Văn Quyết, Công Phượng không thể lên tuyển vì những lý do khác nhau, bên cạnh Công Vinh đã lớn tuổi, nhiều người đã kỳ vọng vào Hồng Quân. Tuy nhiên những gì cầu thủ này thể hiện trong những ngày tập trung lại không đủ tốt để thuyết phục ông thầy xứ Nghệ đặt niềm tin vào anh.
Kể từ sau màn tỏa sáng tại Asiad 17 mà nổi bật nhất là trong chiến thắng 4-1 của ĐT 23 Việt Nam trước Iran, Hồng Quân đã sa sút khá nhiều theo thời gian. Trước đó tại SEA Games 2015 diễn ra ở Singapore, tiền đạo cao lớn này cũng đã có bước thụt lùi về phong độ khi liên tiếp bỏ lỡ những cơ hội mười mươi trong trận bán kết trước U23 Myanmar. Hệ quả là U23 Việt Nam đã phải dừng bước ở vòng 4 đội.
Dễ dàng nhận thấy chân sút sinh năm 1992 hiện tại đã tăng cân và trở nên nặng nề hơn trước khiến anh đánh mất sự sắc bén trong các pha xử lý bóng và trước khung thành đối phương. Không còn ai nhận ra một trung phong từng khiến hàng thủ Iran phải khổ sở theo kè
