Thời gian bốc thăm môn bóng đá SEA Games 2021 đã được ấn định vào ngày 6/4 với các khung giờ từ 10h15 đến 10h50. Theo đó, môn futsal nữ sẽ bốc thăm vào lúc 10h15. Môn futsal nam bốc thăm vào lúc 10h25. Sau đó 10 phút, môn bóng đá nữ sẽ tiến hành bốc thăm chia bảng. Và vào lúc 10h50, môn bóng đá nam sẽ được tiến hành bốc thăm. HLV Park Hang Seo và HLV Mai Đức Chung sẽ có mặt ở buổi bốc thăm.
Ở môn bóng đá nam, U23 Việt Nam là hạt giống số 1 của giải, có mã số A1. Trong khi đó, U23 Thái Lan là hạt giống số 1 của bảng còn lại. Nhóm 2 gồm Indonesia, Malaysia; nhóm 3 gồm Myanmar, Campuchia; nhóm 4 là Philippines, Singapore; nhóm 5 là Lào, Timor Leste.
Bóng đá nam tại SEA Games 31 diễn ra từ ngày 6/5 đến 22/5 trên sân Việt Trì (Phú Thọ, bảng A), Thiên Trường (Nam Định, bảng B). Bán kết và chung kết môn bóng đá nam được tổ chức tại sân Mỹ Đình. Các đội thi đấu vào lúc 16h00 và 19h00. Theo điều lệ của SEA Games 31, độ tuổi tham dự môn bóng đá nam là U23+3 (3 cầu thủ trên 23 tuổi). Điều lệ này cũng giống với Olympic hay Asiad, nhằm tăng tính cạnh tranh và chất lượng cho giải đấu.
Trong khi đó, về phía ĐT nữ Việt Nam, nhóm hạt giống số 1 được xác định là đương kim vô địch SEA Games - tuyển nữ Việt Nam và Thái Lan. Nhóm hạt giống số 2 là Myanmar – Philippines. Các đội bóng còn lại gồm Campuchia, Indonesia, Lào và Singapore vào nhóm 3.
Môn bóng đá nữ sẽ thi đấu bảng A (bảng có ĐT nữ Việt Nam) vào các ngày 9, 11 và 14/5 trên sân Cẩm Phả. Trong khi bảng B sẽ thi đấu vào các ngày 10, 13 và 15/5. Trận bán kết sẽ diễn ra vào ngày 18/5. Các trận chung kết, tranh hạng ba đều diễn ra vào ngày 21/5 trên sân Cẩm Phả. Giờ thi đấu cũng là 16h00 (trận 1) và 19h00 (trận 2).
